Докинг и структурные расчёты

AutoDock4-докинг ансамбля 22 конформеров двух Pd(II)-диаминокарбеновых комплексов (3tH, 3tHH) с дипломной параметризацией Pd. Версия 2: признаков специфического связывания нет — в сошедшихся областях поиска все конформеры дают одно плато −5…−6 ккал/моль независимо от места посадки, тогда как кристаллический контроль QC-308 даёт −9.01 и воспроизводит свою позу (RMSD 0.24 Å). Выводы версии 1 («−9.19 в гемовом сайте», «в holo посадка невозможна») отозваны: у лиганда были потеряны заряды, а бокс был меньше кармана. Индуцированная подгонка (smina --flex) вывод не меняет: та же гибкая поза в неподвинутом кристаллическом рецепторе даёт +20 вместо −13.8, то есть выигрыш куплен деформацией белка, которую Vina не штрафует.

Протонированный комплекс KS1 по процедуре ME-344. Положительные оценки исходной области 22 Å — артефакт её размера (железо гема в 2,2 Å от стенки). В боксах 30 Å по гему и 40 Å те же конформации дают −6,37…−7,19 ккал/моль при разбросе по сидам ≤0,19, но позы периферические (Pd в 8,6–28,7 Å от железа) и упираются в границу, а контроли ME-344 (−9,43) и AD8 (−7,58) от области не зависят. Гибкие боковые цепи дают лиганду 1,3–1,5 ккал/моль и ничего контролям, но та же поза в неподвинутом белке уходит в плюс. Признаков специфического связывания нет.