KS1H⁺ × гем-оксигеназа-1
Монокатион S5.4 · сохранённый гем · шесть арильных вращений · версия 2026-09-22
Основная серия 2026-09-13: бокс 22 Å, пять сидов. Перепроверка 2026-09-22: боксы 30 Å с центром на железе гема и 40 Å вокруг дистального центра, по три сида.
Обновление 2026-09-22: положительные оценки исходной серии — артефакт размера области поиска.
В боксе 22 Å железо гема 3TGM отстоит от стенки на 2,17 Å при габарите лиганда около 13 Å, поэтому поза в кармане
не помещается в область целиком. При увеличении области те же конформации дают устойчивые отрицательные оценки.
Признаков специфического связывания при этом всё равно нет: позы периферические и зависят от границы области,
а контроли лежат заметно ниже. Числа не являются экспериментальной аффинностью.
Результаты
20 прогонов KS1H⁺, четыре контроля и две дополнительные проверки завершены 13 сентября 2026.
Перепроверка размера области — 26 прогонов тем же smina и теми же входными файлами, 22 сентября 2026.
| Рецептор | 22 Å, дистальный
(2026-09-13) | 30 Å, по гему
(3 сида) | 40 Å, дистальный
(3 сида) | контроль
в 30 Å по гему |
|---|
| 1N45, без воды | +84,43 | −7.02 … −7.01 | −7.19 … −7.11 | ME-344 −7.91 |
| 1N45, с водой | +86,38 | не перепроверялся |
| 3CZY | +20,19 | −6.44 … −6.42 | −6.42 … −6.37 | AD8 −7.58, ME-344 −7.84 |
| 3TGM | +66,88 | −6.65 … −6.65 | −7.05 … −6.86 | ME-344 −9.43 |
Разброс по трём сидам в перепроверке — 0,00–0,19 ккал/моль, то есть числа устойчивы. Но устойчивость не означает
специфичности: палладий в этих позах находится в 8,6–10 Å от железа гема, а в боксе 40 Å для 3TGM и 3CZY уходит на
27,7–28,7 Å — лиганд перемещается на поверхность белка, сохраняя ту же оценку. Лучшие позы по-прежнему упираются
в границу области (запас от −0,06 до 0,00 Å), поэтому ни одна из проверенных областей не является самодостаточной.
Контроли ведут себя противоположным образом и подтверждают корректность контура: ME-344 даёт −9,43 в гемовом
боксе 3TGM против −9,43291187 в опубликованном боксе 22 Å, AD8 в 3CZY — −7,58 и −7,72. Они не зависят от области
и лежат на 0,6–2,8 ккал/моль ниже KS1H⁺.
Что это меняет. Осторожная формулировка исходного отчёта остаётся в силе: расчёт не доказывает ни связывания
в дистальном кармане, ни невозможности связывания. Уточнение: положительные оценки в боксе 22 Å не свидетельствуют
против связывания — они измеряют размер области. Итог обеих проверок: признаков специфического связывания нет.
Прочее без изменений: процедура ME-344 использует готовые раскрытые конформации белка, рецептор неподвижен;
в редокинге AD8 близкая к кристаллу поза найдена, но первая по рейтингу поза имеет RMSD 2,70 Å;
палладий типизирован как обобщённый металл, функция Vina не содержит кулоновского члена.
Все сиды: CSV · Сводка: JSON ·
Проверка 30 Å: JSON · Перепроверка боксов: JSON · Перепроверка: архив · Отчёт: Markdown ·
SHA-256 архива
Индуцированная подгонка: гибкие боковые цепи (2026-09-23)
Жёсткий рецептор не отвечает, откроется ли карман под KS1H⁺. Выполнен докинг с подвижными
боковыми цепями кармана (smina --flexres, три сида, те же бокс и бинарник;
в 3TGM подвижны Glu29, Asn30, Thr26, Gln38, His25, в 3CZY дополнительно Lys22,
в 1N45 — Val146, Lys149, Glu29, Gln145, Gln38, Ile150).
| Рецептор | жёстко | гибко | выигрыш | та же поза в кристаллическом рецепторе |
|---|
| 1N45 | -7.02 | -8.48 | -1.46 | +3.55 |
| 3CZY | -6.44 | -7.85 | -1.41 | -0.95 |
| 3TGM | -6.65 | -7.91 | -1.26 | +7.39 |
| ME-344 (3TGM) контроль | -9.43 | -9.33 | +0.10 | -9.44 |
| AD8 (3CZY) контроль | -7.58 | -7.57 | +0.01 | -7.61 |
| ME-344 (1N45) контроль | -7.91 | -7.93 | -0.02 | -7.92 |
KS1H⁺ выигрывает от подвижности 1,3–1,5 ккал/моль, контроли — ничего (от −0,12 до +0,10).
Решающая проверка в последнем столбце: найденная гибкая поза пересчитана без изменений
в неподвинутом кристаллическом рецепторе. Контроли сохраняют оценку, а позы KS1H⁺ уходят в
плюс. То есть выигрыш куплен деформацией белка, которую стандартная функция Vina не штрафует;
смещения при этом скромные — центроид боковой цепи сдвигается на 0,96–3,22 Å.
Отдельно: лигандная эффективность в жёстком расчёте составляет −0,117…−0,121 ккал/моль на
тяжёлый атом у KS1H⁺ (55 атомов) против −0,363 у ME-344 (26) и −0,421 у AD8 (18).
Вывод не меняется, а укрепляется: признаков специфического связывания нет, и проверка
индуцированной подгонки доступным способом их не добавляет. Корректная проверка требует метода
со штрафом за деформацию рецептора — минимизации силовым полем или QM/MM, а не Vina.
В просмотрщике доступны сцены «гибкие боковые цепи»: подвинутые цепи показаны вместе с белком.
Индуцированная подгонка: архив ·
Сводка: JSON
Интерактивная структура
Каждый вариант отображается в собственной системе координат вместе с
соответствующим белком. KS1H⁺ — бирюзовый, Pd — фиолетовый, гем — оранжевый,
Fe — коричневый. Вращение мышью, масштаб колесом. Связи в визуализации геометрические;
координационный граф этим изображением не устанавливается.