KS1H⁺ × hHO-1: перенос процедуры ME344

Проверено 13 сентября 2026. Завершены 20 прогонов KS1H⁺, четыре контрольных прогона и две отдельные проверки размера области поиска. Основная очередь выполнялась 20:54–21:51 UTC; итоговый анализ проведён после её завершения.

В исходной области 22 Å благоприятных поз KS1H⁺ не найдено: все лучшие оценки положительные, с короткими межмолекулярными контактами. Однако этот результат зависит от области поиска. Дополнительные прогоны в области 30 Å находят позы с отрицательными оценками и без неметаллических контактов короче 2 Å, расположенные дальше от железа гема. Это не доказывает ни связывание в исходном кармане, ни невозможность связывания KS1H⁺ с HO-1 вообще.

Основная серия: точные области поиска ME344, 22 × 22 × 22 Å

Применена процедура со страницы ME344 и её исходных скриптов /root/me344-dock/run_inducedfit.sh, run_docking.sh. Под «induced fit» там понимается cross-docking в уже раскрытые кристаллические конформации рецептора; белок во время этих расчётов неподвижен.

Для каждого варианта выполнено пять независимых сидов: 1, 7, 42, 123, 2024. Размах лучших оценок между сидами: 0,080 / 0,095 / 8,318 / 0,450 ккал/моль соответственно строкам таблицы. Кластер лучшей позы встречается в 5/5, 5/5, 2/5 и 5/5 сидов. Разброс 3CZY указывает на неполную сходимость поиска даже в пределах этой модели; сходимость плохих поз других вариантов не делает их физически приемлемыми.

Всего сохранено 48 поз KS1H⁺. Кластеризация: RMSD по 55 тяжёлым атомам в неподвижной системе координат рецептора, порог 2 Å, с независимой симметрией арильных ветвей. Поворот/перенос всей позы не удаляется совмещением. Число поз также ограничено стандартным окном энергии и фильтром RMSD smina.

Дополнительная проверка: 30 × 30 × 30 Å

Лучшие позы в 3CZY и 3TGM касались границы исходной сетки: минимальный отступ от номинального края −0,062 Å, согласующийся с дискретизацией сетки. Поэтому отдельно выполнено по одному прогону с сидом 42, прежним центром, прежней исчерпывающей настройкой поиска и увеличенной стороной области до 30 Å. Эти два адаптивных прогона не входят в исходную пятисидовую серию.

В 3TGM ближайшие остатки — Gln27, Glu215, Glu32, Arg35, Ile211; в 3CZY — Gln38, гем, Ile150. По координатам и визуальному осмотру это более периферические размещения, чем позы исходной серии. Для 3CZY кратчайший контакт с гемом остаётся 3,47 Å, поэтому большой Pd–Fe сам по себе не означает полного отсутствия контакта с гемом. Поза 3TGM по-прежнему почти на границе новой области. Один сид и отсутствие контактов <2 Å не устанавливают устойчивый сайт, полную стерическую приемлемость или аффинность. Дополнительное расширение области автоматически не запускалось.

Контроли

Свежие прогоны исходного ME344 (3R,4S), сид 42, точно воспроизводят сохранённые оценки того же сида: 3TGM −9,43291187; 3CZY −7,83734560; 1N45 без воды −0,838022709 ккал/моль. Сравнивать последнюю величину с минимумом другого набора сидов нельзя. Это подтверждает воспроизведение исходного вычислительного контура; перенос точности оценки с органического ME344 на комплекс Pd этим не подтверждён.

Редокинг кристаллического AD8 в 3CZY: 19 поз, лучшая оценка −7,53802586. Симметрийно скорректированный RMSD без совмещения: 2,697 Å у первой по рейтингу позы; 0,817 Å у лучшей геометрически позы (режим 6). Следовательно, поиск воспроизводит близкую к кристаллу позу, но ранжирование первой позы не проходит порог 2 Å. Это ограничение явно сохраняется в интерпретации.

Идентичность лиганда и допущения

Использован монокатион KS1H⁺, C46H47N8Pd⁺, KS1_mono_tau1, из авторской геометрии SI_49, таблица S5.4, состояние 1H(1)⁺. SI_49 — отдельный предоставленный рукописный SI, а не автоматически SI статьи 2024 года. Исходный XYZ содержит 102 атома и сохранён без оптимизации. SHA-256: 1653c2fc4c3b4125dc77f742ebaa7fca7ad5076cd580b4818b6d27c5f9e02a27.

Архивный /root/dock_2pbj_3tH/ligand_rigid.pdbqt сопоставлен один-к-одному со всеми 55 тяжёлыми атомами и пятью полярными H исходного XYZ; отклонения менее 0,0009 Å обусловлены округлением. 42 неполярных H представлены неявно. Сумма старых округлённых частичных зарядов +0,997; формальный заряд +1. Частичные заряды заново не рассчитывались.

Старый гибкий PDBQT имел две внутренние степени свободы, двигавшие атомы координационного ядра. В новом представлении все 18 атомов ядра неподвижны относительно друг друга; разрешены только шесть периферических вращений N8–C16, N1–C2, N5–C4, N3–C5, N2–C8, N7–C29. Координированный N2 переведён из акцепторного типа NA в N. Максимальная погрешность внутренних расстояний ядра по 48 основным позам — 0,00140 Å; все основные и дополнительные позы прошли также проверку правильного жёсткого совмещения ядра и шести якорных связей.

Установленный smina отвергает буквальный тип Pd. Использован его явно объявленный GenericMetal M; в визуальных PDB восстановлен элемент Pd. Исходные определения типов smina. Это не параметризация специфической химии Pd. Стандартный Vina score не содержит кулоновского члена и не определяет эффект протонирования на свободную энергию связывания. Эти числа нельзя переводить в Kd, IC50, ингибирование или доказательство координационной связи. Рассмотрена одна протонированная форма с сохранённым ядром, а не весь её конформационный ансамбль.

Параметры и воспроизводимость

Во всех рецепторах цепь A и все 43 атома гема сохранены. Центры областей, Å: 1N45 (21.674, −0.776, −3.237); 3CZY (4.194, −21.080, 5.581); 3TGM (−27.136, −8.481, 8.618). exhaustiveness=32, num_modes=20, cpu=4, стандартная оценка Vina. Прогоны выполнены локально на четырёх физических CPU, без GPU. smina: сборка Oct 15 2019, Vina 1.1.2; SHA-256 ffe5e1e78c947f76b0df8805e2c54383d0bbaf2e827a633b643a708cf682a958. Среда анализа: /root/girdin-dock/venv/bin/python, NumPy и RDKit; точные версии записаны в analysis/verification.json.

Воспроизведение и проверки описаны в README. Итоговый анализ требует ровно 20 основных заданий и четыре заданных контроля, проверяет хеши входов/выходов и конечность оценок. Проверены четыре геометрических теста нового контура и три канонических теста Kabsch. Итоговый 3D-просмотрщик проверен для всех шести моделей, Pd/Fe и переключения боковых цепей.

Артефакты на этом хосте: /root/ks1-inducedfit/data/ks1-inducedfit/2026-09-13/. analysis/summary.json, poses.csv и per_seed.csv содержат результаты; box30/ — отдельный план, логи и результаты расширения области; analysis/viewer.html — автономный 3D-просмотрщик; inputs/, results/, manifest.json и COMPLETE.json — исходные данные и квитанции прогонов. Сводные таблицы также сохранены рядом с этим отчётом в Git. Координаты и сырые логи остаются в локальном архиве ks1-inducedfit-2026-09-13.tar.gz.

Литературное основание и границы извлечения

TAMA предоставила запись и текст о семействе комплексов: Svetlana A. Katkova et al. (2024), Metal-(Acyclic Diaminocarbene) Complexes Demonstrate Nanomolar Antiproliferative Activity against Triple-Negative Breast Cancer, DOI, архив TAMA. Эта ссылка относится к семейству соединений и не является доказательством происхождения SI_49.

Биологический контекст ME344/HO-1: Leilei Zhang et al. (2019), Isoflavone ME-344 Disrupts Redox Homeostasis and Mitochondrial Function by Targeting Heme Oxygenase 1, DOI, архив TAMA. В TAMA прочитан полный abstract; полного текста у этой записи нет. AskChem вернул только смежные результаты, а DOI-проверки обоих источников — ноль claims: специфического подтверждения из AskChem не получено. Новые численные выводы этого отчёта основаны на сохранённых результатах расчёта.