# Pd-ADC × hHO-1 (3TGM) — докинг AutoDock4: отчёт, версия 2 (2026-09-22)

**Итог: признаков специфического связывания нет.** Ни «связывание в гемовом сайте», ни
«посадка невозможна» — оба вывода первой версии этой страницы оказались следствием слишком
тесной области поиска и потерянных зарядов лиганда, а не свойствами комплексов.

Версия 1 (опубликована 2026-09-22 утром) отозвана целиком; её числа сохранены в архиве как
датированное свидетельство. Ниже — что было не так и что показывает исправленный расчёт.

## Две ошибки первой версии

### 1. Заряды лиганда были нулевые

Авторский MOL2 несёт парциальные заряды из квантово-химического расчёта (процедура диплома:
Gaussian 16, PBE1PBE, 6-311+G(d) + LANL2DZ на Pd), сумма +1 для 3tH и +2 для 3tHH. При
генерации конформеров и конвертации в PDBQT заряды были потеряны: во всех 44 файлах лиганда
стояло `+0.000`, включая Pd. Контрольный QC-308 тоже был без зарядов.

Электростатика и зарядозависимая десольватация при этом просто выключаются. Прямая проверка
на одной и той же позе (`epdb`, лучшая поза 3tH_12 из первой версии):

| заряды лиганда | оценка, ккал/моль |
|---|---|
| нулевые (версия 1) | −9.19 |
| ДФТ из авторского MOL2 | −2.47 |

Заряды восстановлены по индексу атомов (`charge_fix.py`; порядок атомов и граф связей
конформеров совпадают с исходным MOL2, неполярные водороды слиты с несущим атомом углерода).
Суммы зарядов в итоговых PDBQT: +1.000 (3tH, 15 конформеров) и +2.000 (3tHH, 7 конформеров),
q(Pd) = +0.239 и +0.381.

### 2. Область поиска была меньше кармана

Бокс первой версии — 26.25 Å вокруг дистального центра QC-308 (−27.136, −8.481, 8.618).
В нём железо гема отстоит от ближайшей стенки всего на **4.29 Å**, тогда как габарит
комплекса ~13 Å. То есть поза в гемовом сайте физически не может поместиться в бокс целиком,
и лучшие позы всех прогонов упирались в стенку. Внутри белка бокс накрывал 769 атомов
рецептора из 1745.

Для holo эффект ещё грубее: в этом боксе не существовало ни одного размещения без
столкновений (скан трансляций 0/15625), поэтому генетический алгоритм был вынужден
возвращать позу внутри стенок белка — отсюда «+329…+822 ккал/моль».

## Что сделано в версии 2

Три независимых прогона, одинаковые во всём, кроме области поиска. Каждый: 22 конформера
(15 × 3tH, 7 × 3tHH) × 2 рецептора (apo — гем извлечён, 1745 атомов; holo — гем сохранён,
1788 атомов), 50 GA-запусков на конформер, жёсткое тело (TORSDOF 0), плюс контрольный
передок кристаллического QC-308 (20 запусков). Параметры Pd — дипломные
(`atom_par Pd 1.34 0.048 12.0000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4`), заряды рецептора — eem.
Всего 138 расчётов, сбоев нет.

| прогон | бокс | центр | атомов рецептора в боксе |
|---|---|---|---|
| `ad4q` | 26.25 Å (70³) | дистальный QC-308 | 769 / 1745 |
| `ad4b` | 37.5 Å (100³) | дистальный QC-308 | 1385 / 1745 |
| `ad4h` | 30 Å (80³) | железо гема | 781 / 1745 |

Бокс `ad4h` подобран так, чтобы целиком вмещать и гемовый сайт, и дистальный карман QC-308
(запас 3.73 Å), но не всю поверхность белка. **Публикуемые числа — из него.**

## Результат

Лучшие оценки по 22 конформерам, ккал/моль:

| | apo | holo |
|---|---|---|
| 26.25 Å, дистальный (версия 1, отозвана) | −3.37 … +13.25 (медиана +0.76) | +340.57 … +809.86 (+537.64) |
| 37.5 Å, дистальный | −5.90 … −4.80 (−5.29) | −6.13 … −4.60 (−5.33) |
| **30 Å, по гему (публикуется)** | **−5.92 … −4.73 (−5.38)** | **−6.87 … −4.99 (−5.61)** |
| контроль QC-308 | −6.91 во всех трёх боксах | −9.01 во всех трёх боксах |

Два расширенных бокса согласуются между собой с точностью до долей ккал/моль и оба
расходятся с опубликованным — признак того, что версия 1 измеряла границу бокса, а не
энергетику связывания.

**Плато.** В сошедшихся боксах все 22 конформера дают одно и то же значение −5…−6 ккал/моль,
50/50 запусков отрицательны, независимо от того, где оказалась лучшая поза: в гемовом
кармане, на его краю или в 20–28 Å от железа на поверхности белка (бокс 37.5 Å). Разброс по
конформерам (1.2 ккал/моль) меньше, чем разница между «карманом» и «случайной поверхностью»
должна была бы быть. Это ландшафт неспецифической адсорбции: **AD4 не выделяет для этих
комплексов какого-либо места связывания.**

**Контроль ведёт себя противоположным образом** и тем подтверждает, что дело не в сетапе:
кристаллический QC-308 даёт −9.01 в holo, воспроизводит свою кристаллическую позу
(RMSD относительно кристалла 0.24–0.28 Å) и даёт одинаковый результат во всех трёх боксах.
Он лежит на 2–4 ккал/моль ниже плато Pd-комплексов — то есть настоящий связыватель кармана
отличим от фона, а Pd-комплексы этого порога не достигают.

В apo тот же контроль смещается (RMSD относительно кристалла 2.47 Å) — без гема карман
меняет форму, так что воспроизведение позы подтверждает только holo-контроль.

## Что можно и чего нельзя утверждать

Можно:
- при этой параметризации и жёстком рецепторе 3TGM специфическое связывание Pd-ADC
  комплексов с hHO-1 **не обнаружено**;
- сетап (грид, заряды, типизация Fe, параметры Pd) корректен — подтверждено передоком
  кристаллического лиганда;
- прежние выводы версии 1 недействительны.

Нельзя:
- утверждать, что связывания нет в действительности: отсутствие сигнала у метода, который
  не содержит калиброванной энергетики координации Pd–N и Pd–His, не есть доказательство
  отсутствия связывания;
- утверждать обратное — что связывание есть;
- переводить −5…−6 ккал/моль в Kd.

## Ограничения

1. Жёсткий рецептор, никакой индуцированной подгонки. hHO-1 документированно гнёт
   дистальную спираль; 3TGM (2.85 Å) — одно состояние.
2. AD4 не моделирует координационную связь Pd–His и не содержит калиброванной энергетики
   Pd–N. Геометрическая близость Pd к железу в отдельных позах — не доказательство связи.
3. Параметры Pd из диплома (vdW 1.34 Å) не валидированы на экспериментальных Kd;
   чувствительность к параметризации не проверялась.
4. Гидрогенизация рецептора отсутствует; влияет на HD-карты.
5. Конформеры получены RDKit ETKDGv3 с жёстким Pd-кором (Uniconf падает на этих входах) и
   проранжированы GFN2-xTB; каждый докинговался как жёсткое тело.
6. Ни одна поза не подтверждена экспериментально.

## Индуцированная подгонка: гибкие боковые цепи (2026-09-23)

Обе опубликованные страницы — Pd-ADC × hHO-1 (pd-ho1, версия 2) и KS1H⁺ × hHO-1 (ks1h) —
заканчивались одинаковым ограничением: жёсткий рецептор не отвечает на вопрос, откроется ли
карман под эти лиганды. Здесь выполнен следующий уровень: докинг с подвижными боковыми
цепями кармана. **Ответ: связывание не подтверждается, а прежний вывод становится прочнее.**

### Постановка

113 расчётов smina (та же сборка Oct 15 2019 / Vina 1.1.2, `exhaustiveness=32`,
`num_modes=20`, `cpu=4`), бокс — сошедшийся 30 Å с центром на железе гема каждого рецептора.

- **Подвижные боковые цепи** выбраны по контактам лучших жёстких поз: остатки с вращающейся
  боковой цепью в пределах 4,5 Å от позы, шесть ближайших; глицин, аланин, пролин и гем
  исключены. Pd-ADC apo — Lys18, Arg183, Ser142, His25, Tyr134, Thr21; Pd-ADC holo — Glu29,
  Lys18, His25, Thr21, Tyr134, Phe207; KS1H⁺ 3TGM — Glu29, Asn30, Thr26, Gln38, His25;
  3CZY — Glu29, Lys22, Thr26, Asn30, Gln38, His25; 1N45 — Val146, Lys149, Glu29, Gln145,
  Gln38, Ile150.
- **Жёсткая база в той же функции.** Опубликованные числа Pd-ADC получены в AutoDock4, а
  smina считает по Vina, поэтому для Pd-ADC отдельно выполнены 46 жёстких прогонов в smina.
  KS1H⁺ использует жёсткую базу перепроверки боксов от 2026-09-22 (тот же бинарник, тот же бокс).
- Палладий в лигандах Pd-ADC перетипизирован в обобщённый металл `M` — smina не принимает
  буквальный тип Pd. То же допущение уже несёт опубликованная страница ks1h.
- Сиды: KS1H⁺ — три (1, 42, 2024), разброс 0,02–0,35 ккал/моль. Pd-ADC — один (42).

### Результат 1: оценки резко улучшаются у лигандов и не меняются у контролей

Лучшая оценка, ккал/моль:

| Система | контроль: жёстко → гибко | лиганд: жёстко → гибко |
|---|---|---|
| Pd-ADC, apo | QC-308 −10,20 → −10,21 (0,00) | −7,9…−9,7 → −10,6…−13,8 (1,8–4,7) |
| Pd-ADC, holo | QC-308 −10,69 → −10,64 (+0,05) | −7,6…−10,7 → −9,3…−11,9 (0,6–3,7) |
| KS1H⁺, 3TGM | ME-344 −9,43 → −9,33 (+0,10) | −6,65 → −7,91 (1,26) |
| KS1H⁺, 3CZY | AD8 −7,58 → −7,57 (+0,01); ME-344 −7,84 → −7,96 (−0,12) | −6,44 → −7,85 (1,41) |
| KS1H⁺, 1N45 | ME-344 −7,91 → −7,93 (−0,02) | −7,02 → −8,48 (1,46) |

Сама по себе эта таблица выглядит как индуцированная подгонка: лучшая поза Pd-ADC в apo
даёт −13,83 против −10,21 у кристаллического контроля.

### Результат 2: весь выигрыш куплен бесплатной деформацией белка

Найденная в гибком прогоне поза лиганда пересчитана **без изменений** в исходном
кристаллическом рецепторе (`strain_check.py`, `--score_only`):

| | поза в подвинутом белке | та же поза в кристаллическом |
|---|---|---|
| QC-308 (контроль) | −10,21 | −10,20 |
| ME-344 (контроль) | −9,33 | −9,44 |
| AD8 (контроль) | −7,57 | −7,61 |
| Pd-ADC 3tH_01, apo | −13,83 | **+20,07** |
| Pd-ADC 3tHH_04, apo | −11,24 | **+66,07** |
| Pd-ADC 3tHH_06, apo | −12,47 | **+55,59** |
| KS1H⁺, 3TGM | −7,91 | **+7,39** |
| KS1H⁺, 1N45 | −8,48 | **+3,55** |

Контроли разницы не замечают: их позы совместимы с кристаллическим карманом как есть.
У Pd-ADC и KS1H⁺ те же позы в неподвинутом белке разваливаются, чаще всего в большой плюс.

Смещения боковых цепей при этом умеренные — центроид боковой цепи сдвигается на
**0,7–3,2 Å** (`sidechain_shifts.json`): Pd-ADC apo Lys18 2,39, His25 2,22, Ser142 1,60,
Thr21 1,30, Arg183 1,00, Tyr134 0,71; KS1H⁺ 1N45 Gln145 3,22, Gln38 2,83, Lys149 2,06.
То есть сдвиг порядка одного ротамера покупает от 4 до 34 ккал/моль видимого улучшения —
именно потому, что стандартная функция Vina не содержит члена, штрафующего деформацию
рецептора.

Даже лучшая гибкая поза Pd-ADC в holo (−11,91) в кристаллическом рецепторе даёт −9,14, то
есть хуже, чем уже найденный жёсткий докинг того же лиганда (−10,14).

*Поправка к первой версии этого отчёта: смещения «до 5–7 Å» были посчитаны сопоставлением
атомов по именам, а smina записывает подвинутые боковые цепи с обобщёнными именами (каждый
углерод — «C»), поэтому сравнивались разные атомы. Здесь и далее используется сдвиг
центроида боковой цепи, который сопоставления по именам не требует. Вывод не меняется:
ошибка касалась величины смещения, а не проверки позы в кристаллическом рецепторе.*

### Результат 3: лигандная эффективность

Жёсткий smina, ккал/моль на тяжёлый атом: QC-308 −0,464 (22 атома), AD8 −0,421 (18),
ME-344 −0,363 (26) против Pd-ADC −0,177…−0,194 (55) и KS1H⁺ −0,117…−0,121 (55).
Там, где Pd-ADC в holo сравнялся с контролем по абсолютной оценке (−10,69 у обоих), он
делает это 55 тяжёлыми атомами против 22 — числа сходятся за счёт размера лиганда, к
которому оценка Vina не нормирована, а не за счёт качества посадки.

### Вывод

Гибкие боковые цепи не подтверждают связывание ни в одной из систем. Положительный сигнал
возникает только при неоплаченной деформации белка и исчезает, как только её учесть
простейшим способом. Вывод обеих страниц — «признаков специфического связывания нет» —
после этой проверки обоснован лучше, чем до неё.

Ограничения: у Pd-ADC гибкий прогон в один сид; подвижны 5–6 боковых цепей, остов жёсткий;
палладий — обобщённый металл, координационной химии Pd в счёте по-прежнему нет; Vina не
содержит кулоновского члена. Корректная проверка индуцированной подгонки требует метода со
штрафом за деформацию рецептора — минимизации силовым полем или QM/MM, а не Vina.

### Артефакты

`/root/flex_dock_20260922/` — `prepare_flex.py` (выбор подвижных остатков, перетипизация
лигандов), `flex_plan.json`, `run_flex.sh` (113 заданий, возобновляемый), `analyse_flex.py`,
`flex_summary.json`, `strain_check.py`, `strain_check.json`, `sidechain_shift.py`, `sidechain_shifts.json`, `runs/` (позы, подвинутые
боковые цепи `*.flex.pdbqt`, логи), `flex.log`, `HANDOFF.md`.


## Что делать дальше

- Гибкие боковые цепи проверены 2026-09-23 (см. раздел выше) — сайт не появляется.
  Остаются другие состояния рецептора (3CZY, 1N45) и подвижный остов.
- QM/MM или DFT-оптимизация локального окружения Pd — единственный способ корректно оценить
  координацию Pd–His, которой в AD4 нет.
- Сравнение с альтернативной параметризацией Pd — оценить, насколько вывод зависит от vdW-радиуса.

## Воспроизведение

```
charge_fix.py            восстановление зарядов из авторского MOL2 -> pdbqt_q/
run_ad4_q.sh             прогон в боксе 26.25 Å  -> ad4q_apo/, ad4q_holo/
run_ad4_box.sh           прогон в боксе 37.5 Å   -> ad4b_apo/, ad4b_holo/
run_ad4_heme.sh          прогон в боксе 30 Å по гему -> ad4h_apo/, ad4h_holo/  (публикуется)
aggregate_dock.py        DLG -> dock_summary.json (v2: 50 запусков, контакты по тяжёлым атомам)
box_compare.py           сравнение двух боксов -> logs/box_sensitivity.json
diag_energy.py           карты, скан трансляций
pub_extract.py           позы и index.json для страницы
build_site.py            сборка публикации
verify_site.py           приёмка: страница против DLG
```

Архив `results.tar.gz` содержит DLG всех трёх прогонов, оба контроля, заряженные PDBQT
лигандов, авторские MOL2, скрипты, логи, GPF и файлы параметров, а также DLG отозванной
версии 1 и её сводку `dock_summary_v1_zero_charge.json` — как датированное свидетельство.