# Индуцированная подгонка 2026-09-23

Обе опубликованные страницы — Pd-ADC × hHO-1 (pd-ho1, версия 2) и KS1H⁺ × hHO-1 (ks1h) —
заканчивались одинаковым ограничением: жёсткий рецептор не отвечает на вопрос, откроется ли
карман под эти лиганды. Здесь выполнен следующий уровень: докинг с подвижными боковыми
цепями кармана. **Ответ: связывание не подтверждается, а прежний вывод становится прочнее.**

## Постановка

113 расчётов smina (та же сборка Oct 15 2019 / Vina 1.1.2, `exhaustiveness=32`,
`num_modes=20`, `cpu=4`), бокс — сошедшийся 30 Å с центром на железе гема каждого рецептора.

- **Подвижные боковые цепи** выбраны по контактам лучших жёстких поз: остатки с вращающейся
  боковой цепью в пределах 4,5 Å от позы, шесть ближайших; глицин, аланин, пролин и гем
  исключены. Pd-ADC apo — Lys18, Arg183, Ser142, His25, Tyr134, Thr21; Pd-ADC holo — Glu29,
  Lys18, His25, Thr21, Tyr134, Phe207; KS1H⁺ 3TGM — Glu29, Asn30, Thr26, Gln38, His25;
  3CZY — Glu29, Lys22, Thr26, Asn30, Gln38, His25; 1N45 — Val146, Lys149, Glu29, Gln145,
  Gln38, Ile150.
- **Жёсткая база в той же функции.** Опубликованные числа Pd-ADC получены в AutoDock4, а
  smina считает по Vina, поэтому для Pd-ADC отдельно выполнены 46 жёстких прогонов в smina.
  KS1H⁺ использует жёсткую базу перепроверки боксов от 2026-09-22 (тот же бинарник, тот же бокс).
- Палладий в лигандах Pd-ADC перетипизирован в обобщённый металл `M` — smina не принимает
  буквальный тип Pd. То же допущение уже несёт опубликованная страница ks1h.
- Сиды: KS1H⁺ — три (1, 42, 2024), разброс 0,02–0,35 ккал/моль. Pd-ADC — один (42).

## Результат 1: оценки резко улучшаются у лигандов и не меняются у контролей

Лучшая оценка, ккал/моль:

| Система | контроль: жёстко → гибко | лиганд: жёстко → гибко |
|---|---|---|
| Pd-ADC, apo | QC-308 −10,20 → −10,21 (0,00) | −7,9…−9,7 → −10,6…−13,8 (1,8–4,7) |
| Pd-ADC, holo | QC-308 −10,69 → −10,64 (+0,05) | −7,6…−10,7 → −9,3…−11,9 (0,6–3,7) |
| KS1H⁺, 3TGM | ME-344 −9,43 → −9,33 (+0,10) | −6,65 → −7,91 (1,26) |
| KS1H⁺, 3CZY | AD8 −7,58 → −7,57 (+0,01); ME-344 −7,84 → −7,96 (−0,12) | −6,44 → −7,85 (1,41) |
| KS1H⁺, 1N45 | ME-344 −7,91 → −7,93 (−0,02) | −7,02 → −8,48 (1,46) |

Сама по себе эта таблица выглядит как индуцированная подгонка: лучшая поза Pd-ADC в apo
даёт −13,83 против −10,21 у кристаллического контроля.

## Результат 2: весь выигрыш куплен бесплатной деформацией белка

Найденная в гибком прогоне поза лиганда пересчитана **без изменений** в исходном
кристаллическом рецепторе (`strain_check.py`, `--score_only`):

| | поза в подвинутом белке | та же поза в кристаллическом |
|---|---|---|
| QC-308 (контроль) | −10,21 | −10,20 |
| ME-344 (контроль) | −9,33 | −9,44 |
| AD8 (контроль) | −7,57 | −7,61 |
| Pd-ADC 3tH_01, apo | −13,83 | **+20,07** |
| Pd-ADC 3tHH_04, apo | −11,24 | **+66,07** |
| Pd-ADC 3tHH_06, apo | −12,47 | **+55,59** |
| KS1H⁺, 3TGM | −7,91 | **+7,39** |
| KS1H⁺, 1N45 | −8,48 | **+3,55** |

Контроли разницы не замечают: их позы совместимы с кристаллическим карманом как есть.
У Pd-ADC и KS1H⁺ те же позы в неподвинутом белке разваливаются, чаще всего в большой плюс.

Смещения боковых цепей при этом умеренные — центроид боковой цепи сдвигается на
**0,7–3,2 Å** (`sidechain_shifts.json`): Pd-ADC apo Lys18 2,39, His25 2,22, Ser142 1,60,
Thr21 1,30, Arg183 1,00, Tyr134 0,71; KS1H⁺ 1N45 Gln145 3,22, Gln38 2,83, Lys149 2,06.
То есть сдвиг порядка одного ротамера покупает от 4 до 34 ккал/моль видимого улучшения —
именно потому, что стандартная функция Vina не содержит члена, штрафующего деформацию
рецептора.

Даже лучшая гибкая поза Pd-ADC в holo (−11,91) в кристаллическом рецепторе даёт −9,14, то
есть хуже, чем уже найденный жёсткий докинг того же лиганда (−10,14).

*Поправка к первой версии этого отчёта: смещения «до 5–7 Å» были посчитаны сопоставлением
атомов по именам, а smina записывает подвинутые боковые цепи с обобщёнными именами (каждый
углерод — «C»), поэтому сравнивались разные атомы. Здесь и далее используется сдвиг
центроида боковой цепи, который сопоставления по именам не требует. Вывод не меняется:
ошибка касалась величины смещения, а не проверки позы в кристаллическом рецепторе.*

## Результат 3: лигандная эффективность

Жёсткий smina, ккал/моль на тяжёлый атом: QC-308 −0,464 (22 атома), AD8 −0,421 (18),
ME-344 −0,363 (26) против Pd-ADC −0,177…−0,194 (55) и KS1H⁺ −0,117…−0,121 (55).
Там, где Pd-ADC в holo сравнялся с контролем по абсолютной оценке (−10,69 у обоих), он
делает это 55 тяжёлыми атомами против 22 — числа сходятся за счёт размера лиганда, к
которому оценка Vina не нормирована, а не за счёт качества посадки.

## Вывод

Гибкие боковые цепи не подтверждают связывание ни в одной из систем. Положительный сигнал
возникает только при неоплаченной деформации белка и исчезает, как только её учесть
простейшим способом. Вывод обеих страниц — «признаков специфического связывания нет» —
после этой проверки обоснован лучше, чем до неё.

Ограничения: у Pd-ADC гибкий прогон в один сид; подвижны 5–6 боковых цепей, остов жёсткий;
палладий — обобщённый металл, координационной химии Pd в счёте по-прежнему нет; Vina не
содержит кулоновского члена. Корректная проверка индуцированной подгонки требует метода со
штрафом за деформацию рецептора — минимизации силовым полем или QM/MM, а не Vina.

## Артефакты

`/root/flex_dock_20260922/` — `prepare_flex.py` (выбор подвижных остатков, перетипизация
лигандов), `flex_plan.json`, `run_flex.sh` (113 заданий, возобновляемый), `analyse_flex.py`,
`flex_summary.json`, `strain_check.py`, `strain_check.json`, `sidechain_shift.py`, `sidechain_shifts.json`, `runs/` (позы, подвинутые
боковые цепи `*.flex.pdbqt`, логи), `flex.log`, `HANDOFF.md`.


---

# Перепроверка 2026-09-22 (в начале документа)

Ниже — перепроверка размера области поиска, выполненная 22 сентября 2026; исходный отчёт от 13 сентября приведён следом без изменений.

Перепроверка опубликованного расчёта <https://mol.biometal.xyz/docking/ks1h/>
(прогон 2026-09-13) тем же бинарником smina, теми же рецепторами и тем же
лигандом. Поводом стал разбор соседней страницы pd-ho1, где и «связывание в
гемовом сайте», и «посадка невозможна» оказались следствиями слишком тесной
области поиска.

## Что проверялось

В опубликованной серии область 22 × 22 × 22 Å вокруг дистального центра. В ней
железо гема 3TGM отстоит от ближайшей стенки на 2,17 Å при габарите лиганда
около 13 Å, то есть поза в гемовом кармане не помещается целиком. Сам отчёт
2026-09-13 отмечал, что лучшие позы 3CZY и 3TGM касались границы сетки
(отступ −0,062 Å), и добавлял проверку в 30 Å одним сидом; поза 3TGM в ней
оказалась в 0,001 Å от нового края.

Здесь выполнено 26 расчётов smina (та же сборка Oct 15 2019 / Vina 1.1.2,
`exhaustiveness=32`, `num_modes=20`, `cpu=4`, тот же `KS1H_flex6.pdbqt`):

- бокс **30 Å с центром на железе гема** каждого рецептора (3TGM, 3CZY, 1N45) —
  накрывает и гемовый сайт, и дистальный карман;
- бокс **40 Å вокруг прежнего дистального центра** — проверка на плато;
- по три сида (1, 42, 2024) на каждую комбинацию;
- контроли ME-344 и кристаллический AD8 в тех же боксах.

Заряды здесь роли не играют: оценочная функция Vina их не использует, поэтому
дефект, найденный на pd-ho1, к этому расчёту не относится.

## Результат

Лучшая оценка, ккал/моль (в скобках — расстояние Pd до железа гема и запас
лучшей позы до стенки бокса):

| Рецептор | 22 Å, дистальный (опубликовано) | 30 Å, по гему | 40 Å, дистальный | контроль в 30 Å по гему |
|---|---|---|---|---|
| 3TGM | **+66,88** | −6,65 / −6,65 / −6,65 (8,6 Å; 2,1 Å) | −6,86 / −7,04 / −7,05 (27,7 Å; −0,06 Å) | ME-344 −9,43 |
| 3CZY | **+20,19** | −6,42 / −6,44 / −6,44 (8,9 Å; 2,3 Å) | −6,42 / −6,37 / −6,40 (8,9–28,7 Å; −0,06 Å) | AD8 −7,58; ME-344 −7,84 |
| 1N45 | **+84,43** | −7,01 / −7,02 / −7,02 (9,9 Å; 0,00 Å) | −7,12 / −7,19 / −7,11 (10,1 Å; 4,5 Å) | ME-344 −7,91 |

Три числа в ячейке — сиды 1 / 42 / 2024.

1. **Положительные оценки опубликованной серии — артефакт тесной области.** Во
   всех трёх рецепторах достаточно расширить бокс, чтобы те же конформации
   давали −6,4…−7,2 ккал/моль. Это воспроизводит на KS1H⁺ ровно тот эффект,
   который был найден на pd-ho1.
2. **Сходимость по сидам отличная** (разброс 0,00–0,19), то есть числа
   устойчивы — но устойчивость не означает специфичности.
3. **Позы периферические.** Палладий в 8,6–10 Å от железа в гемовых боксах и в
   27,7–28,7 Å в боксе 40 Å для 3TGM и 3CZY: при увеличении области лиганд
   уходит на поверхность белка, сохраняя ту же оценку. Это то же плато
   неспецифической адсорбции, что и у Pd-ADC комплексов.
4. **Лиганд по-прежнему упирается в границу.** В боксе 40 Å запас у 3TGM и 3CZY
   отрицательный (−0,06 Å), в гемовом боксе 1N45 — 0,00 Å. Ни одна из областей
   не является самодостаточной для KS1H⁺.
5. **Контроли ведут себя иначе и подтверждают сетап.** ME-344 даёт −9,43 в
   гемовом боксе 3TGM против −9,39 в боксе 40 Å и −9,43291187 в опубликованном
   боксе 22 Å — результат от области не зависит. AD8 в 3CZY: −7,58 и −7,72.
   Контроли лежат на 0,6–2,8 ккал/моль ниже KS1H⁺ и имеют большой запас до
   стенок (1,2–13,8 Å).

## Вывод

Опубликованная осторожная формулировка остаётся верной: расчёт не доказывает ни
связывания в дистальном кармане, ни невозможности связывания. Уточнение по
итогам перепроверки: **положительные оценки в боксе 22 Å не свидетельствуют
против связывания** — они измеряют размер области, а не энергетику. В корректно
подобранных областях KS1H⁺ даёт устойчивые −6,4…−7,2 ккал/моль, но позы
периферические, зависят от границы бокса и не достигают уровня контролей.
Признаков специфического связывания нет.

Ограничения прежние: жёсткий рецептор, Pd типизирован как GenericMetal `M`,
стандартная функция Vina без кулоновского члена, одна протонированная форма.
Числа нельзя переводить в Kd или IC50.

## Артефакты

`/root/ks1h_recheck_20260922/` — `run_recheck.sh` (26 заданий, возобновляемый),
`analyse_recheck.py`, `recheck_summary.json`, `runs/` (логи, stdout и позы),
`boxes.txt`, `fe_centres.json`, `recheck.log`.

Замечание по логу: проверка успеха в `run_recheck.sh` ищет строку `Refine time`
в `.log`, тогда как smina пишет её в `.stdout`, поэтому успешные задания
помечены в `recheck.log` как `FAILED`. Все 26 выходных файлов содержат по
18–20 поз; расчёты успешны.


---

# KS1H⁺ × hHO-1: перенос процедуры ME344

Проверено 13 сентября 2026. Завершены **20 прогонов KS1H⁺, четыре контрольных
прогона и две отдельные проверки размера области поиска**. Основная очередь
выполнялась 20:54–21:51 UTC; итоговый анализ проведён после её завершения.

В исходной области 22 Å благоприятных поз KS1H⁺ не найдено: все лучшие оценки
положительные, с короткими межмолекулярными контактами. Однако этот результат
**зависит от области поиска**. Дополнительные прогоны в области 30 Å находят
позы с отрицательными оценками и без неметаллических контактов короче 2 Å,
расположенные дальше от железа гема. Это не доказывает ни связывание в исходном
кармане, ни невозможность связывания KS1H⁺ с HO-1 вообще.

## Основная серия: точные области поиска ME344, 22 × 22 × 22 Å

Применена процедура со [страницы ME344](https://mol.biometal.xyz/docking/me344/)
и её исходных скриптов `/root/me344-dock/run_inducedfit.sh`, `run_docking.sh`.
Под «induced fit» там понимается cross-docking в уже раскрытые кристаллические
конформации рецептора; белок во время этих расчётов неподвижен.

| Рецептор | Лучшая оценка, ккал/моль | Сид | Кратчайший контакт, Å | Неметаллических пар <2 Å | Pd–Fe гема, Å |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|
| 1N45, без воды | +84,43 | 123 | 1,71 | 6 | 10,44 |
| 1N45, с каталитической водой | +86,38 | 42 | 1,73 | 7 | 10,50 |
| 3CZY, раскрытая конформация | +20,19 | 2024 | 1,99 | 1 | 6,92 |
| 3TGM, раскрытая конформация | +66,88 | 1 | 1,17 | 4 | 5,63 |

Для каждого варианта выполнено пять независимых сидов: 1, 7, 42, 123, 2024.
Размах лучших оценок между сидами: 0,080 / 0,095 / 8,318 / 0,450 ккал/моль
соответственно строкам таблицы. Кластер лучшей позы встречается в 5/5, 5/5,
2/5 и 5/5 сидов. Разброс 3CZY указывает на неполную сходимость поиска даже
в пределах этой модели; сходимость плохих поз других вариантов не делает их
физически приемлемыми.

Всего сохранено 48 поз KS1H⁺. Кластеризация: RMSD по 55 тяжёлым атомам в
неподвижной системе координат рецептора, порог 2 Å, с независимой симметрией
арильных ветвей. Поворот/перенос всей позы не удаляется совмещением. Число поз
также ограничено стандартным окном энергии и фильтром RMSD smina.

## Дополнительная проверка: 30 × 30 × 30 Å

Лучшие позы в 3CZY и 3TGM касались границы исходной сетки: минимальный отступ
от номинального края −0,062 Å, согласующийся с дискретизацией сетки. Поэтому
отдельно выполнено по одному прогону с сидом 42, прежним центром, прежней
исчерпывающей настройкой поиска и увеличенной стороной области до 30 Å.
Эти два адаптивных прогона не входят в исходную пятисидовую серию.

| Рецептор | Оценка, ккал/моль | Кратчайший контакт, Å | Пар <2 Å | Pd–Fe, Å | Отступ от края 30 Å, Å |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|
| 3CZY | −5,65 | 3,13 | 0 | 12,25 | 0,284 |
| 3TGM | −5,06 | 2,76 | 0 | 16,81 | 0,001 |

В 3TGM ближайшие остатки — Gln27, Glu215, Glu32, Arg35, Ile211;
в 3CZY — Gln38, гем, Ile150. По координатам и визуальному осмотру это более
периферические размещения, чем позы исходной серии. Для 3CZY кратчайший контакт
с гемом остаётся 3,47 Å, поэтому большой Pd–Fe сам по себе не означает полного
отсутствия контакта с гемом. Поза 3TGM по-прежнему почти на границе новой
области. Один сид и отсутствие контактов <2 Å не устанавливают устойчивый
сайт, полную стерическую приемлемость или аффинность. Дополнительное
расширение области автоматически не запускалось.

## Контроли

Свежие прогоны исходного ME344 (3R,4S), сид 42, точно воспроизводят сохранённые
оценки того же сида: 3TGM −9,43291187; 3CZY −7,83734560;
1N45 без воды −0,838022709 ккал/моль. Сравнивать последнюю величину с минимумом
другого набора сидов нельзя. Это подтверждает воспроизведение исходного
вычислительного контура; перенос точности оценки с органического ME344 на
комплекс Pd этим не подтверждён.

Редокинг кристаллического AD8 в 3CZY: 19 поз, лучшая оценка −7,53802586.
Симметрийно скорректированный RMSD без совмещения: **2,697 Å у первой по
рейтингу позы; 0,817 Å у лучшей геометрически позы (режим 6)**. Следовательно,
поиск воспроизводит близкую к кристаллу позу, но ранжирование первой позы
не проходит порог 2 Å. Это ограничение явно сохраняется в интерпретации.

## Идентичность лиганда и допущения

Использован монокатион **KS1H⁺, C46H47N8Pd⁺**, `KS1_mono_tau1`, из авторской
геометрии SI_49, таблица S5.4, состояние 1H(1)⁺. SI_49 — отдельный предоставленный
рукописный SI, а не автоматически SI статьи 2024 года. Исходный XYZ содержит
102 атома и сохранён без оптимизации. SHA-256:
`1653c2fc4c3b4125dc77f742ebaa7fca7ad5076cd580b4818b6d27c5f9e02a27`.

Архивный `/root/dock_2pbj_3tH/ligand_rigid.pdbqt` сопоставлен один-к-одному
со всеми 55 тяжёлыми атомами и пятью полярными H исходного XYZ; отклонения
менее 0,0009 Å обусловлены округлением. 42 неполярных H представлены неявно.
Сумма старых округлённых частичных зарядов +0,997; формальный заряд +1.
Частичные заряды заново не рассчитывались.

Старый гибкий PDBQT имел две внутренние степени свободы, двигавшие атомы
координационного ядра. В новом представлении все 18 атомов ядра неподвижны
относительно друг друга; разрешены только шесть периферических вращений
N8–C16, N1–C2, N5–C4, N3–C5, N2–C8, N7–C29. Координированный N2 переведён
из акцепторного типа NA в N. Максимальная погрешность внутренних расстояний
ядра по 48 основным позам — 0,00140 Å; все основные и дополнительные позы
прошли также проверку правильного жёсткого совмещения ядра и шести якорных связей.

Установленный smina **отвергает буквальный тип Pd**. Использован его явно
объявленный GenericMetal `M`; в визуальных PDB восстановлен элемент Pd.
[Исходные определения типов smina](https://github.com/mwojcikowski/smina/blob/master/src/lib/atom_constants.h).
Это не параметризация специфической химии Pd. Стандартный Vina score не
содержит кулоновского члена и не определяет эффект протонирования на свободную
энергию связывания. Эти числа нельзя переводить в Kd, IC50, ингибирование или
доказательство координационной связи. Рассмотрена одна протонированная форма
с сохранённым ядром, а не весь её конформационный ансамбль.

## Параметры и воспроизводимость

Во всех рецепторах цепь A и все 43 атома гема сохранены. Центры областей, Å:
1N45 (21.674, −0.776, −3.237); 3CZY (4.194, −21.080, 5.581);
3TGM (−27.136, −8.481, 8.618). `exhaustiveness=32`, `num_modes=20`,
`cpu=4`, стандартная оценка Vina. Прогоны выполнены локально на четырёх
физических CPU, без GPU. smina: сборка Oct 15 2019, Vina 1.1.2;
SHA-256 `ffe5e1e78c947f76b0df8805e2c54383d0bbaf2e827a633b643a708cf682a958`.
Среда анализа: `/root/girdin-dock/venv/bin/python`, NumPy и RDKit;
точные версии записаны в `analysis/verification.json`.

Воспроизведение и проверки описаны в
[README](method.txt). Итоговый анализ требует
ровно 20 основных заданий и четыре заданных контроля, проверяет хеши
входов/выходов и конечность оценок. Проверены четыре геометрических теста
нового контура и три канонических теста Kabsch. Итоговый 3D-просмотрщик
проверен для всех шести моделей, Pd/Fe и переключения боковых цепей.

Артефакты на этом хосте: `/root/ks1-inducedfit/data/ks1-inducedfit/2026-09-13/`.
`analysis/summary.json`, `poses.csv` и `per_seed.csv` содержат результаты;
`box30/` — отдельный план, логи и результаты расширения области;
`analysis/viewer.html` — автономный 3D-просмотрщик; `inputs/`, `results/`,
`manifest.json` и `COMPLETE.json` — исходные данные и квитанции прогонов.
Сводные таблицы также сохранены рядом с этим отчётом в Git. Координаты и
сырые логи остаются в локальном архиве `ks1-inducedfit-2026-09-13.tar.gz`.

## Литературное основание и границы извлечения

TAMA предоставила запись и текст о семействе комплексов: Svetlana A. Katkova
et al. (2024), *Metal-(Acyclic Diaminocarbene) Complexes Demonstrate Nanomolar
Antiproliferative Activity against Triple-Negative Breast Cancer*,
[DOI](https://doi.org/10.1002/chem.202400101),
[архив TAMA](https://tama.biometal.xyz/fulltext/1897). Эта ссылка относится к
семейству соединений и не является доказательством происхождения SI_49.

Биологический контекст ME344/HO-1: Leilei Zhang et al. (2019), *Isoflavone
ME-344 Disrupts Redox Homeostasis and Mitochondrial Function by Targeting Heme
Oxygenase 1*, [DOI](https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-18-3503),
[архив TAMA](https://tama.biometal.xyz/fulltext/15199). В TAMA прочитан полный
abstract; полного текста у этой записи нет. AskChem вернул только смежные
результаты, а DOI-проверки обоих источников — ноль claims: специфического
подтверждения из AskChem не получено. Новые численные выводы этого отчёта
основаны на сохранённых результатах расчёта.